Кютахья — древнейшее место на территории Анатолии, которое существует с доисторических времен (с каменного века). Кютахья, существовавшая в бронзовом веке (3000–2000 гг. до н.э.), была под властью Хеттской, Фригийской, Лидийской, Персидской, Македонской, Вифинской и Пергамской империй, а затем частью Римской и Византийской империй. Кютахья имеет богатое историческое и культурное наследие, которое досталось ей от сельджуков, гермиянидов, со времен Османской империи плоть до образования Республики Турция. Помимо важных исторических достопримечательностей в Кютахье есть многочисленные термальные источники. Она является важным «Регионом термального туризма» в Турции, который насчитывает шесть термальных туристических центров.
Согласно древним источникам, в Кютахье родился знаменитый баснописец Эзоп. Письменные источники и монеты указывают на то, что в римский период Кютахья называлась KOTIAEION. Самой древней общиной, поселившейся в Кютахье, являются фригийцы. Затем в регионе правили персы, македонцы, римляне, анатолийские сельджуки, Гермияниды и Османы. После Первой мировой войны и образования Турецкой Республики Кютахья была включена в ее состав.