يمتد تاريخ كوتاهية إحدى أقدم المدن فى جغرافيا الأناضول إلى عصور ما قبل التاريخ. وبعد هذه الفترات, حكمت كوتاهية التى مر عليها العصر البرونزى عام (2000 – 3000 قبل الميلاد) من قبل كلا من الحيثين, والفريجيين, والليدين,والفرس, وكذلك حكمت من قبل مملكة مقدونيا, والمملكة البيثينية وبرغاما. كذلك حكمت كوتاهية من قبل الإمبراطوريتين الرومانية والبيزنطية. لذلك تعد كوتاهية ميراثا غاليا إنتقل من السلاجقة, ثم الجيرميين وصولا إلى الدولة العثمانية وأخيرا الجمهورية التركية. وفى كوتاهية التى كانت مهدا لكثيرا من الحضارات على مر التاريخ, يوجد العديد من ينابيع المياه الساخنة والقنوات. يوجد فى كوتاهية 6 منتجعات لسياحة الينابيع الساخنة, والكثير من قنوات المياه, وبهذا تعد كوتاهية أهم مركز لسياحة الينابيع الساخنة فى تركيا.
كذلك توضح المصادر القديمة أن كوتاهية هى مسقط رأس الراوى الشهير "إيسوب" بناءا على ما يوجد من المصادر القديمة والعملات المعدنية التى تعود لحقبة الزمنية, فكان يطلق على كوتاهية فى فترة حكم الرومانيين " كوتيائوين" أما الفريجيين فهم أقدم شعب إستقر فى أراضى كوتاهية. بعد ذلك سيطرت العديد من الشعوب والإمبراطوريات على المنطقة مثل: الفرس والمقدونيين والسلاجقة والجيرميانين وكذلك الإمبراطورية العثمانية. وبعد الحرب العالمية الأولى, أصبحت كوتاهية جزءا من الجمهورية التركية.